《犯罪現場》以通缉犯徐糠伏尸屋事件开始，负责调查的警官林法栋（张继聪 饰）发现涉及一宗一个月前的劫案，当中同谋包括汪新元（古天乐 饰）、红毛（凌文龙 饰）与欧阳（李灿森 饰），而犯罪现场唯一目击证人是一只鹦鹉，林法栋锁定汪新元为嫌犯。不过案情卻不如想像中直接……

悍匪龙志强，在香港回归前，趁香港英政府不作为，而屡犯巨案，先后绑架富豪利家及雷家之长子，勒索超过二十亿元，事主怕被报复, 交赎款后都不敢报警。中国公安部极为关注，与香港警方合力，派香港警员何天卧底潜入龙志强犯罪团伙，发现他正策划绑架澳门富豪贺不凡，最终陆港警察合力勇擒龙志强，救出贺不凡。

名不见经传的小刑警孙大圣（王千源 饰）出生入死在追查案件的第一线，在平凡无奇的一天，他突然听说与之有交情的汽车修理工赵勇强跳楼自杀了。赵勇强此前租住一处拆迁房，但拆迁房一夜被人强拆，他和儿子不仅被赶了出来，连预付的租金都打了水漂。在此之后，赵带着儿子找到地产开发商泰华集团总经理赵泰（包贝尔 饰），结果却遭受了殴打和羞辱。在此之后，孙大圣试图调查此事，却遭到泰华集团乃至警方内部的阻挠，而赵泰试图收买他的行为更激怒了耿直倔强的孙大圣。专横跋扈的赵泰为了摆平这件事，不惜采用各种龌龊肮脏的手段，正邪之战正式拉开帷幕……

故事缘起三年之前，富二代曹元元（林峰 饰）曾因土地纠纷纵容手下杀害一名老人，事后他作为幕后主使锒铛入狱。服刑期间，元少饮食无忧，逍遥自在，随后又因表现良好即将提前释放。不久前才收到元少手下恐吓的老人的孙女廖雨萍（周秀娜 饰）认为背后必有隐情，于是前往廉政公署实名举报监狱涉嫌受贿。为了调查真相，廉政公署首席调查主任陆志廉（古天乐 饰）故意危险驾驶被捕入狱，谁想此前被他亲手法办的不法警察黄文彬（林家栋 饰）也在此服刑，并且和元少各自率领敌对的帮派。帮派乱战，陆Sir被迫卷入其中，而狱方躲在幕后暗暗操纵着一切……