位于日本长崎海岸西南的端岛，因外形极为酷似军舰，因此得名“军舰岛”。原本荒无人烟的军舰岛，因海底所蕴藏的丰富煤矿而在19世纪开始得到关注。直到二战期间，它更沦为了吞噬人类生命的恐怖所在。某酒店爵士乐团团长李姜煜（黄政民 饰）及其女儿素姬（金秀安 饰）以及崔七星（苏志燮 饰）、末子（李贞贤 饰）等人遭到哄骗，原本日本淘金梦碎，转而被强制征召到军舰岛挖矿。日本帝国主义残酷无情，军舰岛的作业环境又极度恶劣，脆弱的生命之火随时可能熄灭。历经多年苦难，战争终于结束。姜煜和幸存者们本以为苦尽甘来，可以回到朝鲜半岛。谁曾想日本人为了掩盖罪行，决意要将这群“奴隶”永远留在军舰岛上……

纯祖一年，丁若铨（薛景求饰）因受辛酉迫害事件影响被发配到遥远的黑山岛。来到岛上后，丁若铨对这里的海洋生物产生了浓厚的兴趣，并决定写一本关于海洋生物的书籍。他向在这里土生土长、熟识各种海洋生物的青年渔夫昌大（卞耀汉饰）寻求帮助，但最初昌大因丁若铨是戴罪之身而拒绝。后丁若铨了解到昌大在自学识字的过程中常遇到困难，于是提议将各自擅长的知识教授对方，昌大最终同意，两人也在相互碰撞中成为了彼此的良师益友。然而，丁若铨在得知昌大学习的目的是为仕途后大失所望，昌大也明白两人各有志向，亦师亦友的二人决定分道扬镳……